Nach gut zweistündiger Beratung  gab es einen knappen Entscheid. Mit drei gegen zwei Stimmen folgte das Kantonsgericht Baselland unter dem Vorsitz von Daniel Ivanov den Erwägungen des Regierungsrates. Denn dieser hatte nach jahrelangen juristischen Entscheidungen die unverzügliche Einbürgerung von Hamdi Halili in Bubenddorf verfügt. Dessen Einbürgerung war zuvor von der Bürgergemeindeversammlung zweimal, wenn auch knapp, abgelehnt worden.

Unstrittig war, dass es sich bei der Einbürgerung nicht um einen politischen Entscheid, sondern um einen Verwaltungsakt handelt. Dieser unterliege dem Gebot der Rechtsgleichheit, dem Willkür- und dem Diskriminierungsverbot. Da der Entscheid der Bürgerversammlung jeweils nicht begründet worden war, seien diese Grundsätze verletzt worden. Das Bundesgericht habe mehrfach festgehalten (auch in einem Fall in Pratteln im Jahre 2000): «Ablehnende Entscheide unterliegen der Begründungspflicht.»
Der Bürgerrat hat in seiner Beschwerde unter anderem festgehalten, an der Versammlung habe niemand kritisiert, dass der negative Entscheid ohne Begründung gefallen sei. Angesichts des emotionalen Klimas sei dies «nicht  zumutbar» gewesen, argumentierte Kantonsrichter Niklaus Schulthess.

Im Wesentlichen ging es aber im konkreten Fall nun darum, ob der Regierungsrat im Rahmen seiner Aufsichtspflicht überhaupt derart massiv in die Rechte eines demokratisch gewählen Organs eingreifen würde.   Schulthess bejahte dies. Denn wenn eine Rechtswidrigkeit festgestellt werde, «muss der Regierungsrat handeln». Auch wenn sich der Entscheid im Spannungsfeld zwischen Demokratie und Rechtsstaatlichkeit bewege, kann die Exekutive eine Ersatzvornahme, also in diesem Fall die Einbürgerung, vornehmen.
In seinem Votum folgte Ivanov im Wesentlichen Schulthess’ Argumentation. Allerdings wandte er ein, dass Halili selber und aus freien Stücken darauf verzichtet habe, gegen die verweigerte Einbürgerung Rechtsmittel einzulegen. Hätte er den Entscheid der Bürgergemeinde selber beim Regierungsrat selber angefochten, wäre die Lage eindeutig. Deshalb plädierte der Gerichtspräsident für eine teilweise Gutheissung der Beschwerde der Bürgergemeinde Bubendorf.

Andere Richter befanden, dass die Aufsichtspflicht auch jene Fälle umfasse, bei denen niemand Rechtsmittel einlege. «Auch ohne Anlass einer konkreten Beschwerde besteht die Aufsichtspflicht», befand Richter Niklaus Ruckstuhl. Auch wurde auf die Konsequenzen hingewiesen, falls das Gericht die Beschwerde gutheise und die Bürgergemeinde ein drittes Mal über die Einbürgerung befinden müsse. Ein drittes Nein wäre nicht zu verantworten. «Unser Entscheid soll zur Beruhigung der Situation beitragen», argumentierte Richter Markus Clausen.

Nach zweistündiger Beratung lehnte das Gericht die Beschwerde der Bürgergemeinde Bubendorf ab, knapp mit 3:2 Stimmen ab. Halili erhält eine Parteientschädigung. Wie nach der Verhandlung mitgeteilt wurde, akzeptiert der Bürgergemeinderat den Entscheid.